目前,蛋白质亲和色谱在生命科学中具有很多的实际应用,但也面临着许多挑战。例如,一般化学固定方法是随机地与蛋白质各个位置的氨基或羧基反应,可能会破坏蛋白质的天然结构或其功能,并且反应的计量难以控制。因此蛋白质的定向固定化是一种较为理想的选择。但是,如何实现蛋白质稳定、持久的定向固定化?固定在非生理表面的蛋白质易于丧失其天然结构,从而失去其特有的生理功能。如何在色谱填料表面维持固定化后蛋白质的生理功能? 另外,细胞内许多蛋白质是以复合物乃至复杂的组装体形式存在,是否可以将蛋白质的复合物或组装体实现定向固定化? 对于酶的固定化也存在以上的问题。但是,在许多具体酶应用例子中,需要多种酶的参与。因此,需要发展同时固定多种酶的方法也是色谱研究的重要内容。但如何实现多种酶的同时、可控的固定化仍是一个难题。我在这里介绍的三元正交概念以及蛋白质同时双重标记方法也许会对以上问题的解决提供一种新的思路。另外,可以预期,三元正交试剂和同时双重标记在蛋白质组学的研究中也会有新的应用。