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    色谱
    Chinese Journal of Chromatography

    2024, Vol. 42, No. 7
    Online: 2024-07-08

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    目录
    第42卷第7期目次
    2024, 42 (7):  0-0. 
    摘要 ( 30 )   PDF(3280KB) ( 37 )  
    视角
    高效液相色谱-质谱技术在蛋白质组学中的应用
    刘威, 翁凌霄, 高明霞, 张祥民
    2024, 42 (7):  601-612.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2023.11006
    摘要 ( 340 )   HTML ( 53 )   PDF(2729KB) ( 201 )  

    蛋白质组学研究在生物医学领域发挥了重要作用,然而研究面临的主要难点在于其研究对象的复杂性和多样性。随着质谱技术的快速发展,高效液相色谱-质谱(HPLC-MS)分离分析复杂生物样品已经成为蛋白质组学研究的基础工具。蛋白质组学的研究从肽段分离,延伸到蛋白质和蛋白质复合物的分离,随着分析物的分子质量不断增大,其结构和组成复杂性也持续增加,分子特性也发生改变。面对不同的蛋白质组学研究对象,选择不同的分离模式、分离条件以及固定相参数是进行深度蛋白质组学研究的关键。本文综述了实验室常用的液相色谱分离模式,包括反相色谱(RPLC)、亲水相互作用色谱(HILIC)、疏水相互作用色谱(HIC)、离子交换色谱(IEC)和体积排阻色谱(SEC),以及其不同的组合模式与质谱联用在自下而上(bottom-up)分析、自上而下(top-down)分析、蛋白-蛋白相互作用分析中应用的研究。具体分析了色谱流动相与被分析对象之间的兼容性问题、色谱流动相与质谱兼容性问题,以及多维色谱中不同色谱模式之间流动相的兼容性问题。重点关注存在不兼容问题时研究者所提出的解决方案。此外,本文还评述了HPLC-MS结合样本前处理的方法在外泌体和单细胞蛋白质组学中的应用研究。总之,文章聚焦于近年来HPLC-MS技术在蛋白质组学中的研究进展,旨在为未来蛋白质组学领域的研究提供参考。

    基于蛋白质沉淀的药物靶点筛选方法的研究进展
    刘彤, 秦伟捷, 杨洪军
    2024, 42 (7):  613-622.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2023.11019
    摘要 ( 153 )   HTML ( 31 )   PDF(1542KB) ( 63 )  

    药物靶点是体内与药物分子结合的生物大分子。因此药物靶点的系统鉴定对于充分认识药物作用机制、疗效以及可能的副作用至关重要;同时全面的靶点识别可以加速药物发现及候选药物筛选的进程。生物质谱具有采集速度快、分辨率和灵敏度高等特点,是蛋白质组深度鉴定和准确定量的关键工具;基于质谱的蛋白质组学技术有助于系统性鉴定与小分子药物结合的蛋白质,阐述蛋白质-药物相互作用,在药物靶点筛选领域大显身手。常用的先进行标记再结合亲和富集的药物靶点表征方法需要对药物分子化学衍生,这既耗时也可能会改变药物的亲和力,同时衍生基团产生的空间效应可能会阻断药物和靶点相互作用,加大了靶点鉴定的难度。因此,无需衍生的药物靶点鉴定方法受到广泛关注。蛋白质受到温度、pH、变性剂以及机械力等条件的影响会发生变性、展开和沉淀。小分子药物与蛋白质结合可能改变蛋白质折叠平衡,稳定靶蛋白的构象,与游离蛋白相比,更能抵抗不同条件诱导的蛋白质沉淀。基于以上原理,联合蛋白质组学和生物质谱技术,目前已经发展了多种基于蛋白质沉淀的药物靶点规模化鉴定方法,包括热蛋白质组分析方法、溶剂诱导蛋白质沉淀方法、机械应力诱导蛋白质沉淀方法、pH依赖性蛋白质沉淀方法等,用于蛋白质组范围内的药物靶点筛选。本综述介绍了该领域近十年报道的药物靶点发现和药物-蛋白质相互作用研究方法,总结了这些方法的特点及其在药物疗效评价、药物发现等方面的发展前景。

    专论与综述
    蛋白质N-磷酸化修饰富集方法进展
    江波, 高博, 魏淑娴, 梁振, 张丽华, 张玉奎
    2024, 42 (7):  623-631.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2024.04029
    摘要 ( 188 )   HTML ( 28 )   PDF(1453KB) ( 77 )  

    蛋白质磷酸化作为一种最普遍和最重要的翻译后修饰调控着几乎所有的生命过程。随着高效富集方法和生物质谱技术的快速发展,低丰度的蛋白质O-磷酸化修饰获得了规模化鉴定,从而使其生物学功能得到较为透彻的研究。而发生在组氨酸、赖氨酸和精氨酸侧链氨基的N-磷酸化修饰,由于P-N键化学稳定性差,导致其在酸和热条件下不稳定。而目前依赖酸性条件的O-磷酸化富集方法难以适用N-磷酸化富集,导致蛋白质N-磷酸化生物功能研究严重滞后。因此,迫切需要发展针对蛋白质N-磷酸化的高效富集方法。本文首先介绍了蛋白质N-磷酸化的结构特征和已报道的生物学功能,重点综述并分析了近20年来蛋白质N-磷酸化修饰富集方法,并对每一种富集方法的优缺点进行了评述,最后对潜在的富集方法进行了展望。

    基于测序技术的核糖核酸修饰定位分析方法研究进展
    熊军, 冯甜, 袁必锋
    2024, 42 (7):  632-645.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2023.12025
    摘要 ( 87 )   HTML ( 18 )   PDF(2225KB) ( 38 )  

    迄今为止,已在核糖核酸(RNA)中发现了170多种不同的化学修饰,这些修饰分布在各种类型的RNA中,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)和小核RNA(snRNA)等。RNA修饰在广泛的生物过程中发挥着至关重要的作用,如调节基因表达、维持RNA稳定性和促进蛋白质翻译等。RNA修饰构成了基因表达调控的新层面,即“表观转录组”。RNA修饰以及相关修饰酶(writer)、去修饰酶(eraser)和修饰识别蛋白(reader)的发现,为研究RNA修饰的动态调控及生理功能提供了重要依据。随着RNA修饰检测技术的发展,RNA表观转录组学研究进入了单碱基分辨率、多层面、全覆盖的发展阶段。这些覆盖全转录组的分析方法有助于发现新的RNA修饰位点,对于阐明表观转录组学的分子调控机制、探索RNA修饰的疾病关联及临床应用具有重要意义。根据处理方式及测序原理的差异,现有的RNA修饰测序技术可以分为直接高通量测序、抗体富集测序、酶辅助测序、化学辅助测序、代谢标记测序和纳米孔测序。这些方法伴随着RNA修饰功能的研究大大拓展了人们对表观转录组学的认识。在这篇综述中,我们总结了近年来有关RNA修饰检测技术的进展,重点聚焦于不同方法的基本原理、优势和局限性。针对不同类型的RNA修饰,探讨测序分析方法,对未来新型RNA修饰定位技术的开发具有指导意义,有助于在全转录组范围内研究RNA修饰的功能。

    色谱在糖组学分析中的应用
    郑义, 曹翠岩, 郭志谋, 闫竞宇, 梁鑫淼
    2024, 42 (7):  646-657.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2023.12003
    摘要 ( 133 )   HTML ( 17 )   PDF(2383KB) ( 86 )  

    糖组学是继基因组学和蛋白组学后发展起来的组学技术,是研究细胞、组织或生物体内糖组的组成、结构及功能的一门学科。糖组学研究对深入了解生命活动规律、疾病的预防和治疗以及药物的质控和研发具有重要意义。糖组在生物样品中的丰度较低,且受单糖组成、糖苷键连接位置、连接方式、分支结构等因素的影响,使得糖链的组成与结构复杂多样,给糖组学研究带来了巨大挑战。液相色谱分离技术以及液相色谱-质谱联用技术被广泛应用于糖组的结构解析,在糖组学研究中发挥了不可或缺的作用。本文首先从色谱分离原理的角度讨论了糖链的富集方法及其在糖组学研究中的应用案例,并比较分析了各种方法的优势与不足;在糖链的分离与分析方面,从色谱分离模式的角度,分别列举了反相色谱、高效阴离子色谱、亲水相互作用色谱和多孔石墨化碳色谱分离糖链、糖缀合物或糖衍生物的分离原理,以及各类色谱模式联合质谱解析在糖组学分析中的研究进展。本文对各类色谱方法的分离特色进行了总结与讨论,为研究人员针对特定样品或特定目标物的分离与分析选择合适的方法提供了参考。近年来,在色谱技术的推动下,糖组学研究取得了相当大的进展。随着色谱新材料和新方法的不断开发,色谱技术将在糖组学研究中发挥更加重要的作用。

    微生物宏蛋白质组——从样品处理、数据采集到数据分析
    吴恩慧, 乔亮
    2024, 42 (7):  658-668.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2024.02009
    摘要 ( 233 )   HTML ( 29 )   PDF(1921KB) ( 79 )  

    微生物与人体疾病、健康密切相关,如何理解微生物群落的组成及其发挥的功能是一大亟需研究的问题。近年来,宏蛋白质组学已经成为研究微生物组成与功能的重要技术手段。然而,由于微生物群落样本的复杂性与高度异质性,样品处理、质谱数据采集与数据分析成为宏蛋白质组目前面临的三大挑战。在宏蛋白质组分析中往往需要针对不同类型的样品进行前处理优化,采取不同的微生物分离富集、提取和裂解方案。与单一物种蛋白质组相类似,宏蛋白质组学中的质谱数据采集模式有数据依赖性采集(data-dependent acquisition, DDA)模式和数据非依赖性采集(data-independent acquisition, DIA)模式。DIA数据采集模式可以完整地采集样品的肽段信息,具有很强的发展潜力。但是由于宏蛋白质组样品的复杂性,其DIA数据解析已成为阻碍宏蛋白质组深度覆盖的一大难题。在数据解析方面,最重要的步骤在于蛋白质序列数据库的构建。数据库的大小和完整性不仅对鉴定数量有很大影响,还会影响物种和功能水平上的分析。目前宏蛋白质组数据库构建的金标准是基于宏基因组的蛋白质序列数据库。同时,基于迭代搜库的公共数据库过滤方法也已被证明具有很强的实用价值。从具体的数据解析策略角度,以肽段为中心的DIA数据解析方法占据了绝对的主流。随着深度学习和人工智能的发展,其会极大地推动宏蛋白质组数据解析的准确度、覆盖度与分析速度。在下游生物信息学分析方面,近年来开发了一系列注释工具,可以在蛋白水平、肽段水平、基因水平上进行物种注释来获得微生物群落组成。与其他组学方法相比,微生物群落的功能分析是宏蛋白质组学的一个独特特征。宏蛋白质组已经成为微生物群落多组学分析中的重要组成部分,并且仍在覆盖深度、检测灵敏度、数据解析完整度等方面具有很大的发展潜力。

    深度学习在质谱成像数据分析中的应用研究进展
    黄冬冬, 刘心昱, 许国旺
    2024, 42 (7):  669-680.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2023.10035
    摘要 ( 198 )   HTML ( 19 )   PDF(2521KB) ( 120 )  

    质谱成像(MSI)是一种用于表征化合物空间分布特征的方法。随着采集方式的多样化发展和灵敏度等的不断提高,该方法产生的数据总量和分析复杂度呈指数增长,给数据后处理带来了诸多挑战。深度学习(DL)是一种在数据分析和图像识别中广泛应用的强大工具,对于质谱成像数据分析具有巨大潜力。本文综述了深度学习在质谱成像数据分析中的研究现状、应用进展和面临的挑战,重点涵盖数据预处理、图像重构、聚类分析和多模式融合4个核心阶段;还列举说明了深度学习与质谱成像技术相结合在肿瘤区域划分和亚型诊断等研究中的高效应用。本综述对该研究方向未来的发展趋势进行了展望,旨在促进人工智能与质谱分析更好的结合。

    非变性质谱和紫外激光解离在蛋白质结构和相互作用分析中的应用
    薛洁滢, 刘哲益, 王方军
    2024, 42 (7):  681-692.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2024.01021
    摘要 ( 80 )   HTML ( 17 )   PDF(4484KB) ( 49 )  

    蛋白质结构及相互作用的动态变化与其生物学功能密切相关,对蛋白质结构及相互作用进行精准探测和分析面临着巨大挑战。非变性质谱(nMS)是一种能够在近生理条件下将蛋白质及其复合物通过电喷雾离子化引入气相离子并进行质谱分析的方法。通过直接测定溶液中蛋白质及其复合物的组成或整合多种质谱解离技术,nMS可获取蛋白质及其复合物的计量关系、组装形式、解离常数、构象变化、结合界面及作用位点等关键信息,以揭示蛋白质相互作用与生物学功能之间的关系。紫外激光解离(UVPD)技术,特别是采用了193 nm准分子激光的UVPD是近年来迅速发展起来的质谱解离技术,其可以高效解离非变性蛋白质骨架,并保留碎片离子中的氢键等非共价相互作用力,从而实现单氨基酸位点分辨的蛋白质动态结构和相互作用质谱解析。本综述主要介绍了nMS和UVPD技术在蛋白质动态结构和相互作用分析中的应用和最新进展,包括由位点突变及配体结合等引起的蛋白质动态结构和相互作用变化,最后对蛋白质nMS表征的未来发展方向做出了展望。

    研究论文
    应用于原代T细胞酪氨酸磷酸化蛋白质组的高灵敏度分析方法
    梁富超, 柯弥, 田瑞军
    2024, 42 (7):  693-701.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2024.01016
    摘要 ( 70 )   HTML ( 14 )   PDF(1950KB) ( 28 )  

    酪氨酸磷酸化在T细胞的信号转导过程中发挥着重要的作用,然而其丰度较低,鉴定困难。生物组织样本中分离获得的原代T细胞数量较少,培养和扩增的难度较大,因而常使用永生化细胞系来研究T细胞的酪氨酸磷酸化介导的信号转导过程,这通常会导致获得与原代T细胞相差较大的结论。因此,本研究发展了一种解析原代T细胞酪氨酸磷酸化修饰信号的高灵敏度的蛋白质组学方法。首先,针对原代T细胞数量有限的问题,本研究优化了一套从小鼠脾脏中分离、活化和扩增T细胞的完整流程,第4天时T细胞数量扩增到7倍以上;其次,针对酪氨酸磷酸化修饰丰度较低、不易被质谱检测的难题,本研究利用SH2超亲体(SH2-superbinder)亲和富集和固定化钛离子亲和色谱(Ti4+-IMAC)技术对抗CD3和抗CD28单克隆抗体共刺激条件下的原代T细胞多肽样品进行了酪氨酸磷酸化多肽富集,并结合纳升液相色谱-串联质谱(nanoLC-MS/MS)进行解析。最终成功从1 mg蛋白质中鉴定到282个酪氨酸磷酸化位点,其中包含T细胞受体膜蛋白CD3胞内区的免疫受体酪氨酸激活序列(ITAM)上的多个酪氨酸磷酸化位点,以及信号转导相关蛋白ZAP70、LAT、VAV1等的重要位点信息。综上,本研究发展了一套深度解析原代T细胞中的酪氨酸磷酸化修饰的高灵敏度蛋白质组学分析流程,有望应用于绘制更接近生理状态下的信号转导网络。

    矩阵热转移技术鉴定有机酸类代谢物的结合蛋白质
    李柯佳, 叶玉莹, 张晓磊, 周家华, 李亚楠, 叶明亮
    2024, 42 (7):  702-710.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2023.07002
    摘要 ( 56 )   HTML ( 11 )   PDF(3642KB) ( 16 )  

    有机酸类代谢物在表观遗传、肿瘤发生和发展以及细胞内信号转导等方面发挥着重要作用,对这类代谢物在体内的结合蛋白质进行鉴定,将有助于从分子学层面理解和揭示它们的功能。本研究采用矩阵热转移技术(mTSA),在HeLa细胞裂解液中系统鉴定了3种有机酸类代谢物(琥珀酸、富马酸和乳酸)的结合蛋白质。首先,向细胞裂解液中加入一系列不同浓度的琥珀酸、富马酸或乳酸,在52 ℃下加热3 min,离心并收集上清蛋白质,进行酶解及后续质谱分析。在数据非依赖性采集(DIA)模式下,本研究在琥珀酸、富马酸和乳酸的mTSA实验中分别鉴定到5870、5744和5816个蛋白质;通过对蛋白质热稳定性的显著性差异值(p)和皮尔森相关系数平方值(R2)进行考察,该研究鉴定到了多个高可信度的有机酸类代谢物结合蛋白质。此外本研究发现,虽然富马酸和琥珀酸均能够与α-酮戊二酸依赖的双加氧酶(FTO)结合,但琥珀酸是FTO更强的竞争性抑制剂。除此之外,本研究还鉴定到了两个先前未曾报道过的乳酸结合蛋白质,即鸟氨酸转氨酶(OAT)和3-巯基丙酮酸硫转移酶(MPST),并通过溶剂诱导沉淀技术(SIP)和两种数据检验方法证明了其可信度;同时,OAT和MPST的发现有助于揭示乳酸在氨基酸合成和细胞内氧化还原平衡调节方面的重要作用。

    基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱法测定α/β-二羰基类化合物与标准瓜氨酸化肽段之间的衍生化反应活性
    李雁凤, 周丹丹, 陈旭飞, 赵娟娟, 高春丽, 邱兴泰, 唐紫超, 邓楠, 赵伟宁, 边阳阳
    2024, 42 (7):  711-720.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2024.02002
    摘要 ( 69 )   HTML ( 11 )   PDF(1472KB) ( 21 )  

    蛋白质瓜氨酸化是一种由生物酶调控的不可逆翻译后修饰,其与免疫相关疾病、癌症、神经系统性疾病和老年痴呆症等重大疾病的发生和发展密切相关。蛋白质的瓜氨酸化修饰丰度低、缺乏亲和标签、m/z变化小且易受同位素及脱酰胺化作用干扰,因此对蛋白质的瓜氨酸化修饰进行质谱分析面临着巨大挑战。通过对瓜氨酸侧链脲基进行化学衍生反应,可以提高瓜氨酸化肽段的m/z差值,引入亲和富集标签,可有效提高瓜氨酸化分析的灵敏度和精准度。本研究以标准瓜氨酸化肽段为研究对象,以基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)为检测手段,对一系列二羰基类化合物与瓜氨酸化肽段之间的化学反应活性进行测定。在对α-二羰基类化合物的考察中发现,苯乙二醛、丙酮醛、1,2-环己二酮和1,10-邻二氮杂菲-5,6-二酮对瓜氨酸化肽段的衍生化效率很高,并且能够生成单一的衍生化产物;2,3-丁二酮、乙二醛与瓜氨酸化肽段之间的反应效率也很高,但会生成一系列副反应产物。在对β-二羰基类化合物的考察中发现,1,3-环己二酮、2,4-戊二酮在与瓜氨酸化肽段进行反应后,均可以产生单一的衍生化产物,但反应效率很低,不适用于瓜氨酸化肽段的化学衍生反应。实验结果表明,α-二羰基结构是实现高效、特异性瓜氨酸化肽段化学衍生反应的基础,α-二羰基类化合物中不同的侧链结构又决定了衍生化产物的结构、衍生化效率及副产物的生成。通过进一步合成含有亲和标签的α-二羰基类化合物,可以实现瓜氨酸化肽段的特异性富集和精准鉴定,有助于瓜氨酸化蛋白质及其位点鉴定的新方法开发。

    一种基于疏水基团标记和反相色谱分离的富集策略及其在含赖氨酸多肽分析中的应用
    何宇, 单亦初, 张丽华, 张振宾, 李洋
    2024, 42 (7):  721-729.  DOI: 10.3724/SP.J.1123.2024.02017
    摘要 ( 91 )   HTML ( 20 )   PDF(1708KB) ( 43 )  
    Supporting Information

    赖氨酸(K)已被广泛用于靶向赖氨酸的交联剂设计、蛋白质复合物的结构解析以及蛋白质-蛋白质相互作用等研究领域。在基于液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)联用技术的“鸟枪法”蛋白质组学研究中,复杂生物样品中的蛋白质被酶切成上万条肽段,为直接分析含有K的肽段带来了巨大挑战。鉴于目前缺乏针对含K多肽的有效富集方法,本工作发展了一种基于疏水标记试剂C10-S-S-NHS和反相色谱分离的方法(简称HYTARP),实现对复杂样品中含K多肽的高效富集和鉴定。合成的C10-S-S-NHS试剂可以高效标记含不同数目K的标准肽段,且对HeLa细胞蛋白酶解肽段的标记效率高达96%。通过考察标记肽段在反相色谱中的保留行为,发现大部分被标记的含K肽段在流动相中乙腈比例升高至约57.6%(v/v)时开始洗脱。进一步优化色谱洗脱梯度,发现阶梯式洗脱能够实现对复杂样品酶解肽段中标记的K肽段的高效分离和富集。富集后样品中含K肽段的占比>90%,较富集前提高了35%。富集的含K肽段对应蛋白质的丰度动态范围跨越了5~6个数量级,实现了对复杂样品中低丰度蛋白质的鉴定。综上,本工作发展的HYTARP策略为降低样品复杂度、提高含K肽段及低丰度蛋白质的鉴定覆盖率提供了一种简单、高效的方法。